Periodo árabe-musulmán

Con la ocupación árabe-musulmana por parte del califa Omar en el 638, también Belén fue sometida a este nuevo poder. Un gesto simbólico del califa garantizó el clima de tolerancia y convivencia entre musulmanes y cristianos: tras la ocupación de la ciudad, Omar entró a rezar ante el ábside sur de la basílica.

Desde aquel momento, el templo se convirtió en lugar de oración para cristianos y musulmanes. Este escenario de respeto entre ambas religiones fue empeorando progresivamente a lo largo de los siguientes califatos, hasta que se llegó a las persecuciones de 1009 por parte del califa fatimí Al-Hakim, que ordenó la destrucción de todos los santuarios de Tierra Santa.

Milagrosamente, la Basílica de la Natividad de Belén quedó preservada de esta devastación, probablemente por la importancia que el lugar había adquirido para la religión islámica, al ser el lugar de nacimiento de aquel a quien los musulmanes identifican como el Profeta Issa, pero también por el hecho de que la basílica hospedaba en su interior una pequeña mezquita.